De oorzaak van deze zeldzame vorm van chronische hepatitis is eigenlijk niet geheel gekend. Meest waarschijnlijk wordt ze veroorzaakt door een abnormale (overdreven) werking van het immuunsysteem, gericht tegen de levercellen (hepatocyten).
De diagnose wordt gesteld aan de hand van antistoffen die in het serum worden opgespoord (ANF, anti-gladde spiercel antistoffen). Dmv een leverbiopsie kan de diagnose worden bevestigd.
Auto-immuunhepatitis wordt meestal behandeld met corticosteroïden, soms in combinatie met azathioprine. Door deze middelen wordt de ontsteking onderdrukt, verdwijnen de symptomen en stijgt de levensverwachting. Toch kan de vorming van littekenweefsel (fibrose) in de lever geleidelijk verergeren. Wanneer de behandeling wordt onderbroken, komt de ziekte meestal terug. Dit betekent dat de meeste mensen de geneesmiddelen hun hele leven moeten blijven gebruiken. Over een periode van jaren ontstaat bij ongeveer 50% van de mensen met auto-immuunhepatitis een leverinsufficiëntie of zelfs levercirrose.